برخلاف مربیان سابق استقلال، فرهاد مجیدی به سیستم چرخشی گلرها اعتقادی ندارد و از زمان حضور وی، حسینی فرصتی برای حضور در میدان پیدا نکرده است. بدون شک یکی از مهمترین کمک‌های مجیدی به حسینی، در هفته دوم لیگ قهرمانان آسیا اتفاق افتاد و این دروازه‌بان در نشست خبری پیش از دیدار استقلال با الشرطه عراق در هفته دوم لیگ قهرمانان آسیا حاضر شد تا روحیه‌اش حفظ شود.
سیدحسین حسینی در لیگ بیستم و در زمان حضور فکری ۴ مسابقه در ترکیب آبی‌پوشان قرار گرفت و ۴ مرتبه دروازه‌اش باز شد. از بد ماجرا وی در بازی مقابل نفت مسجدسلیمان به اشتباه، با گل‌به خودی وارد دروازه خودی را باز کرد تا سریال ناکامی‌هایش در این فصل تکمیل شود. به نظر می‌رسد این بازیکن نتوانسته با نیمکت‌نشینی‌اش کنار بیاید و به جای اصلاح عملکردش و تمرینات بیشتر، وارد حاشیه شده تا به ذخیره محض مظاهری تبدیل شود.
با این تفاسیر زمزمه‌های جدایی حسینی در پایان فصل بیش از پیش جدی شده است و به نظر می‌رسد این دروازه‌بان با وضع موجود یکی از گزینه‌های اصلی جدایی از استقلال باشد.
