درسپتامبر ۱۹۹۹، کنفرانس علمی بزرگی در باب آثار فرهنگی و علمی خیام در یونسکو برگزار، و کتاب «خیام ریاضی دان» که برگردان رسائل ریاضی خیام از عربی به فرانسه (و سپس به انگلیسی) بود رونمائی شد. به این مناسبت کنسرتی ترتیب یافت که در آن، استاد شجریان اشعاری از عمر خیام و سعدی را اجرا کرد، و سپس مدال پیکاسو به پاس تلاش های او در شناساندن موسیقی اصیل ایرانی و معرّفی کاربرد آن در صلح و دوستی توسط فدریکو مایور مدیرکل وقت یونسکو به او اعطا شد.همچنین مدال موتزارت در ۱۶ ژانویه ۲۰۰۷، از طرف یونسکو بخاطر ارزش های انسانی و فرهنگی آثار استاد، به استاد شجریان اعطا شد. مناسبت آن، مراسمی بود که، به دعوت مشترک مدیرکل و رئیس کنفرانس عمومی وقت یونسکو، برای قدردانی از خدمات احمد جلالی، رئیس پیشین کنفرانس عمومی و نیز رئیس پیشین مجمع عمومی میراث جهانی یونسکو برگزار شد با حضور سفرا و مقامات این سازمان.استاد شجریان در این مراسم شرکت و در پایان کنسرتی افتخاری اجرا، و سپس سخنرانی کرد. ایشان در بازگشت به ایران، در گفتگوئی گفت که برای قدرشناسی از زحمات جلالی در حفظ و ثبت مواریث فرهنگی ایران و اهتمام او به شناساندن فرهنگ ایرانی به جهانیان، به پاریس رفته نه برای گرفتن مدال موتزارت، زیرا ما نباید کسانی را که به فرهنگ کشور خدمت کرده اند فراموش کنیم.
ازوله در این پیام آورده است: آقای شجریان طی بیش از ۶ دهه، با فضیلت هنری خود، زیبایی شعر کلاسیک پارسی، از جمله اشعار سعدی، حافظ، مولانا جلال الدین رومی، عطار و عمر خیام را در پرتو تازه ای به نمایش گذاشت. وی این امکان را برای نسل جدید فارسی زبانان در کشورهای مختلف فراهم ساخت تا هویت فرهنگی و میراث مشترک خود را باز یابند، و با این کار، پیوندهای فرهنگی مردمان منطقه را استحکام بخشید.وی افزود: آقای شجریان در چند سال اخیر شجاعانه با بیماری جنگید و در عین حال پیوند عمیقِ خود را با مردم ایران نگاه داشت، مردمی که او از آنان الهام می گرفت و برای آنان می خواند. او با آثار خود نشان داد که راههای بسیاری وجود دارد که فرهنگ، با آشکار ساختنِ آدمیتِ مشترک مان، ما را به هم نزدیک تر کند. از دیدگاه او، هدف همه هنرها انسانیت است که باید بر جهان حکمفرما باشد. این نگاه، ارتباط تنگاتنگ با رسالت یونسکو دارد که می گوید: سنگر دفاع از صلح را می باید در اندیشۀ زنان و مردان ساخت.مدیرکل یونسکو گفت: لطفا همدردی عمیق ما را پذیرا باشید.
