متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت عالم مجاهد و پارسا آیهالله آقای حاج شیخ محمد یزدی رضوان‌الله‌علیه را به حوزه‌ی علمیه‌ی معظم قم و مراجع عظام و علمای عالی‌مقام و جامعه‌ی محترم مدرسین و به شاگردان و دوستان و ارادتمندان آن مرحوم و به‌طور ویژه به خاندان گرامی و همسر و فرزندان مکرم ایشان تسلیت عرض میکنم. سوابق انقلابی و مبارزات دوران طاغوت در کنار حضور پیوسته و همیشگی در همه‌ی دورانهای انقلاب و اشتغال به مسئولیتهای بزرگ در اداره‌ی کشور همچون ریاست قوه‌ی قضاییه و عضویت در شورای نگهبان و مجلس خبرگان و مجلس شورای اسلامی، و در کنار فعالیت علمی و فقهی، شخصیتی جامع و اثرگذار از این عالم جلیل پدید آورده بود. ایمان راسخ به مبانی انقلاب نشانه‌های بارز دیگری از این شخصیت مکرم بود.امید است این وزن سنگین ذخیره‌ی معنوی مایه‌ی علو درجات ایشان باشد. از خداوند متعال رحمت و مغفرت و رضوان الهی را برای آن مرحوم مسألت میکنم. سیدعلی خامنه‌ای۱۹ آذر ۱۳۹۹
پیکر آیت‌الله یزدی درحرم حضرت معصومه(س) به خاک سپرده شد
پیکر آیت‌الله محمد یزدی رئیس فقید جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، عصر چهارشنبه بر دوش شاگردان و عموم مردم قم با رعایت پروتکل های بهداشتی تشییع و درحرم مطهر حضرت معصومه(س) به خاک سپرده شد. دراین مراسم مسئول دفتر رهبر معظم انقلاب در قم، اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه، تنی چند از اعضای مجلس خبرگان رهبری، نمایندگان مردم قم در مجلس شورای اسلامی، مدیرحوزه های علمیه، علما، شخصیت های حوزوی و کشوری، اساتید و طلاب حوزه علمیه قم ، استاندار و مردم متدین و ولایتمدار این استان حضور داشتند. مراسم تشییع این استاد برجسته حوزه علمیه قم ساعت ۱۶ عصر امروز از مسجد امام عسکری (ع) تا حرم حضرت معصومه(س) برگزار شد. پس از تشییع پیکر رئیس فقید جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، آیت الله جعفر سبحانی از مراجع تقلید در صحن امام رضا(ع) بر پیکر ایشان اقامه نماز کرد و سپس پیکر آیت الله یزدی در گرد مضجع منور کریمه اهل بیت(ع) طواف داده شد و به خاک سپرده شد.
