برخی افراد از آلرژی به بذر کتان و روغن بذر کتان رنج می‌برند، بنابراین در صورت مشاهده هرگونه خارش، تورم یا قرمزی در پوست، باید خوردن این دانه‌ها را متوقف کنند. استفراغ و حالت تهوع نیز می‌تواند نشانه‌ای از آلرژی باشد. به طور کلی کسانی که به صورت مداوم از دانه‌های کتان استفاده می‌کنند، به احتمال زیاد به آلرژی مبتلا می‌شوند.
تشدید التهابات بدن:
دانه‌های کتان حاوی اسید‌های چرب امگا ۳ هستند که التهاب را کاهش می‌دهند، اما طبق مطالعه منتشر شده در مجله تغذیه بالینی آمریکا، این دانه‌ها در صورت خوردن زیاد می‌توانند مشکل ایجاد کنند و منجر به بدتر شدن التهاب در بدن شوند.
در دوران بارداری و شیردهی مفید نیستند:
دانه‌های کتان سطح هورمون استروژن را در بدن بالا می‌برند، بنابراین این دانه‌ها ممکن است برای زنان باردار مضر باشند و به همین دلیل توصیه می‌شود زنان باردار تا قبل از مشورت با پزشک آن‌ها را نخورند.
باعث شل شدن مدفوع می‌شود:
دانه‌های کتان سرشار از فیبر غذایی هستند که روند هضم را تحریک می‌کنند، بنابراین افزایش ناگهانی مصرف آن می‌تواند حرکات روده را بسیار افزایش دهد و همچنین ممکن است با درد معده، اسهال و نفخ شکم همراه باشد.
ممکن است باعث انسداد روده شود:
بهتر است دانه‌های کتان را با آب یا هر مایع دیگری مصرف کنید، اما اگر آن‌ها را بدون مایعات کافی مصرف کنید، ممکن است باعث انسداد روده شوند که این عامل به ویژه برای بیماران مبتلا به اسکلرودرمی خطرناک است، زیرا این امر باعث یبوست و انسداد شدید می‌شود؛ بنابراین توصیه می‌شود دانه‌های کتان را به مقدار زیاد مصرف نکنید و قبل از استفاده در رژیم غذایی با پزشک مشورت کنید.
