مردی که شاهد این درگیری بود به پلیس اعلام کرد دو مرد نقاب‌دار وارد اتوبوس شدند، مرد راننده را به رگبار بستند و فرار کردند. پلیس به تحقیق از آشنایان قربانی پرداخت و به اختلاف‌های محمد با اعضای یک خانواده بر سر معامله زمین پی برد. وقتی در بررسی‌ها مشخص شد مرد جوانی به نام حبیب که از اعضای همین خانواده بود قبلا مقتول را تهدید به مرگ کرده بود، وی بازداشت شد ولی خودش را بی‌گناه خواند. از سوی دیگر پسرعموی حبیب در بازجویی‌های پلیسی گفت این مرد چند روز قبل تفنگی به او داده بود تا آن را پنهان کند.
با به‌دست‌آمدن سرنخ‌هایی، ۹ عضو این خانواده به اتهام مشارکت در قتل بازداشت شدند ولی در بررسی کارشناسان اسلحه‌شناسی روشن شد اسلحه‌ای که حبیب به پسرعمویش داده بود تا آن را پنهان کند، همان آلت قتاله نیست. در حالی که تحقیقات پلیسی تکمیل نشده بود، پرونده ۹ متهم به شعبه دوم دادگاه کیفری یک استان تهران فرستاده شد. هرچند متهمان منکر قتل شدند و ادعا کردند زمان حادثه در محل کار خود بودند اما نتوانستند شواهدی ارائه دهند که این ادعا را ثابت کند. در نهایت قضات حبیب و برادرش را هر‌یک به ۱۰ سال زندان و پرداخت دیه محکوم کردند. هفت متهم دیگر نیز به اتهام معاونت در قتل به سه سال زندان محکوم شدند.
اما حکم صادره در دیوان عالی کشور تأیید نشد. در جلسه دوم رسیدگی متهمان یک بار دیگر پای میز محاکمه رفتند.در این جلسه بعد از اینکه اولیای دم خواسته خود را دوباره تکرار کردند، شاهدی که در اتوبوس بود در جایگاه قرار گرفت. او گفت: من ساعت ۴ صبح در شریف‌آباد سوار اتوبوس شدم.
خودم در بیمارستان کار می‌کنم و باید سر شیفتم حاضر می‌شدم. مقتول هم از آشنایان پدرزنم بود و هر وقت من خانه پدرزنم بودم، او من را به تهران می‌آورد. روز حادثه هم سوار اتوبوس مقتول شدم. در حالت خواب و بیداری بودم که متوجه شدم مقتول ماشین را نگه داشت تا دو نفر را سوار ماشین کند. مسافر بودند. من دقیقا متوجه نشدم چه اتفاقی افتاد، یک‌دفعه متوجه شدم دو نفری که سوار ماشین شدند نقاب دارند. انتهای اسلحه یکی از آنها به صورتم برخورد کرد.
آن‌قدر ترسیده بودم که یادم نیست اسلحه چه شکلی بود. یکی هم قمه دستش بود. مقتول دستی اتوبوس را کشید و بلند شد که یک‌دفعه مردی که اسلحه داشت، یک گلوله به سمتش شلیک کرد. گلوله اول به او برخورد نکرد. مرد قمه‌به‌دست به سمتش رفت و او را زد و بعد مرد اسلحه به دست گلوله دوم را به سر مقتول زد و بعد نزدیک شد، هفت یا هشت گلوله هم به پایش زد. آنها قدبلند بودند و موهای آشفته‌ای داشتند ولی چیز بیشتری به یاد ندارم.
سپس متهمان یک بار دیگر در جایگاه حاضر شدند؛ آنها قتل را انکار کردند و گفتند مشخصاتی که مرد شاهد می‌گوید با مشخصات آنها یکی نیست.بعد از پایان جلسه دادگاه قضات شعبه ۲ دادگاه کیفری استان تهران یک بار دیگر برای تصمیم‌گیری وارد شور شدند.
