این جا شهری است که پاریس و هلن هنگام جنگ تروآ در آن پنهان شده‌اند. چهارصد سال بعد استرابون، جغرافیدان و مورخ یونانی، نوشت که هرقلیون در شرق کانوپوس نزدیک دهانه رود نیل واقع شده‌است. برخی از مورخان معتقدند که کلئوپاترای سوم به عنوان فرعون در این معبد تاجگذاری کرده است.
هرقلیون در حدود هزار سال قبل بر روی خاک رس سخت و شن ساخته شده است. با بالا آمدن سطح آب و زلزله‌هایی که در این منطقه اتفاق افتاده است، هرقلیون در نهایت به زیر آب می‌رود.
در حالی که گادیو از افسانه شهر زیر آب آگاه بود، ولی مطمئن نبود که این افسانه واقعیت داشته باشد تا زمانی که در سال ۱۷۹۸ به دنبال کشتی‌های جنگی ناپلئون از رود نیل عبور کرد و بقایای آن را پیدا کرد. هر چه بیشتر در اطراف این منطقه حرکت می‌کرد، اشیا و شواهد بیشتری از ساختارهایی قابل استناد کشف می‌کرد. اهمیت کشف این شهر زیر آب اندازه کشف مقبره توت‌عنخ‌آمون بوده است.
البته این مجموعه به اندازه گنجینه‌های مقبره توت‌عنخ‌آمون غنی و ثروتمند نبود، اما گنجینه‌های یافت‌شده در هرقلیون به خوبی حفظ شده‌اند و در زمانی که هرقلیون بندر بزرگی در مصر محسوب می‌شده است نقشی مهم نیز برای کشور مصر ایفا می‌کرده است. برخی از مصنوعات باور نکردنی از دریا به دست آمده‌اند که از جمله آن می‌توان به مجسمه گرانیتی قرمز به ارتفاع حدود ۵ متر اشاره کرد. برخی آن را فرعون بطلمیوس دوم می‌دانند. همچنین مجسمه‌هایی با احتمال انتساب به ایزیس که الهه مشهور مصری است کشف شده است.
طبق گزارش مجله باستان‌شناسی جهان هفتصد لنگر پیدا شده است که گویی در فضایی پارکینگ مانند صف کشیده بودند و شصت و چهار کشتی غرق‌شده باستانی نیز در همین نزدیکی یافت شده‌اند. در میان کشتی‌های شکسته، ستون‌های طلا، جواهرات طلایی، سکه‌های طلا، وزنه‌های برنز و سرب، اشیای سرامیکی، و ستون‌های مصری که با خطوط قدیمی حکاکی شده بودند قرار داشتند.
کشتی‌ها پشت سر هم وارد بندر می‌شدند و مالیات‌ها و عوارض آن‌ها ثبت می‌شد و سپس بارگیری یا تخلیه بار انجام می‌شده است. کانال‌هایی در شهر ساخته شده است که تقریبا آن را شبیه ونیز نشان می‌دهد و اقامتگاه‌هایی در مناطق دور از مرکز شهر ساخته شده بودند، بصورتی که در حومه شهر محسوب می‌شدند. با کمال تعجب، بسیاری از اشیای یافت‌شده از یونان با نام‌های مصری و برعکس وجود داشتند، که نشان می‌دهد دو کشور چقدر با هم تجارت می‌کرده‌اند.
اسکندریه چندین کیلومتر دورتر از این شهر قرار داشته است و در آن زمان بزرگترین و مرفه‌ترین شهر محسوب می‌شده است. کتابخانه این شهر با کتاب‌های مشهور و جهانی خود، به عنوان یک مرکز مهم یادگیری برای جذب محققانی مانند ارشمیدس و اقلیدس در نظر گرفته می‌شده است. هنگامی که اسکندریه در قدرت و مقام مرتب رشد می‌کرد، هرقلیون رو به زوال گذاشت و تقریبا جز یادی از آن چیزی باقی نماند.
بیشتر مصنوعات هرقلیون در وضعیت خوبی هستند، زیرا بیش از دو هزار سال است که گل و لای کف دریا آن‌ها را از نابودی حفظ کرده‌است. تیم اکتشاف تنها پنج درصد از شهر را کشف کرده‌اند و پیش‌بینی می‌کنند که اکتشافات هیجان انگیزی برای سال‌های آینده انجام خواهد شد.
