در پاسخ به این گزارش، سخنگوی وزارت خارجه ایران صبح شنبه، ۲۴ آبان‌ماه، «ادعای ترور» و همین طور «هرگونه حضور اعضای این گروه در ایران» را «قویا» تکذیب کرد. خبرگزاری مهر به نقل از سعید خطیب‌زاده نوشت: «واشنگتن و تل‌آویو هر از چند گاهی برای شانه خالی کردن از مسئولیت اقدامات جنایت‌بار این گروه و دیگر گروه‌های تروریستی در منطقه، تلاش می‌کنند با دروغ‌پردازی و درز اطلاعات ساختگی به رسانه‌ها، ایران را مرتبط با چنین گروه‌هایی به تصویر بکشند.» چهار مقام اطلاعاتی به نیویورک تایمز گفته‌اند، این عملیات توسط ماموران اسرائیلی و به سفارش ایالات متحده انجام شد. حمزه بن لادن، پسر و جانشین اسامه بن لادن رهبر گروه القاعده، مردادماه سال گذشته در جریان عملیات ضدتروریسم آمریکا در مرز پاکستان و افغانستان کشته شد. نیویورک تایمز همچنین نوشته است که این عملیات تاکنون مخفی نگه‌داشته شده بود. در انفجار سفارتخانه آمریکا در نایروبی در کنیا، در هفتم اوت سال ۱۹۹۸ بیش ۲۰۰ نفر کشته و در حدود پنج هزار نفر زخمی شدند. این مقام‌های امنیتی به نیویورک تایمز گفته اند، ابو محمد المصری از سال ۲۰۰۳ تا پنج سال پیش در ایران زندانی بوده است. اما از سال ۲۰۱۵ در محله بالای شهر تهران زندگی می‌کرده است.
پیش از این رسانه های داخل ایران در ۱۷ مرداد گزارش داده بودند که دو شهروند لبنانی به نام‌های حبیب داوود، استاد تاریخ و ۵۸ ساله، و دخترش مریم، ۲۷ ساله، در حوالی گلستان یکم در خیابان پاسداران تهران به ضرب چهار گلوله کشته شدند. خبرگزاری مهر نوشته بود: در این حادثه از سوی یک موتورسوار «از سمت راننده» پنج تیر شلیک شده که «۴ تیر شلیک شده» به خودرو برخورد کرده و «شلیک پنجم هم به یک ماشین دیگر که در حال عبور بوده اصابت» کرده است. این خبرگزاری اضافه کرده بود، این دو نفر سوار بر یک خودروی ال۹۰ سفید در حال حرکت بودند و حادثه ساعت ۹ شامگاه جمعه رخ داد. ابو محمد المصری، ۵۸ ساله از بنیانگذاران گروه القاعده محسوب می‌شد و حتی گفته شده بود پس از کشته شدن اسامه بن لادن٬ او احتمالا رهبر القاعده خواهد شد اما پس از کشته شدن اسامه بن لادن، ایمن الظواهری رهبر القاعده شد.
در سال ۱۳۹۶ مقام‌های اطلاعاتی آمریکا اعلام کرده بودند که عروسی حمزه بن لادن در ایران برگزار شده است. سال‌ها این گمانه مطرح بود که فرزندان اسامه بن لادن از زمان فرار رهبر گروه القاعده از افغانستان در ایران به سر مى‌برند. سازمان‌هاى جاسوسى غربى در این زمینه به طور ویژه به نام دو تن از پسران بن لادن به نام سعد و حمزه اشاره مى‌کردند که، به گفته آنها، نقش مهمى در گروه القاعده دارند.
در همین زمینه در سه سال پیش محمد بن سلمان، ولیعهد عربستان سعودی، در گفت‌وگو با شبکه سی‌بی‌اس ادعا کرد که ایران به نیروهایی از القاعده پناه داده و آنها را به آمریکا تحویل نمی‌دهد. او همچنین افزود که پسر اسامه بن لادن که رهبر جدید القاعده است، در ایران ساکن است و از داخل ایران به فعالیت‌های خود ادامه می‌دهد. ایران بلافاصله این ادعا را رد کرده و در مقابل عربستان را به تاسیس القاعده متهم کرد. اسامه بن لادن بنیانگذار گروه القاعده و طراح اصلی حملات ۱۱ سپتامبر سال ۲۰۰۱ بود که در سال ۲۰۱۱ توسط نیروهای آمریکا در پاکستان کشته شد.
