اما این سامانه با ایراداتی همراه است، به طور مثال بیشترین تعداد خانه‌های خالی در اختیار حقوقی‌هاست (از جمله بانک‌ها) اما هیچ الزام یا سازوکاری تعیین نشده که این املاک هم ثبت شوند.با این تفاسیر و با توجه به این که بخش زیادی از خانه‌های خالی احتمالا مشمول مالیات برخانه‌های خالی نمی‌شوند و این به آن معناست که این طرح به هدف خود نمی‌رسد. این موضوع شبهه‌ای است که برای مردم ایجاد شده است.
براساس طرح اولیه مالیات بر خانه‌های خالی، هر واحد مسکونی واقع در کلیه شهرهای بالای صد هزار نفر جمعیت که در هر سال مالیاتی در مجموع بیش از ۱۲۰ روز ساکن یا کاربر نداشته باشد به عنوان خانه خالی شناسایی شده و به ازای هر ماه بیشتر مشمول مالیات بر خانه خالی می‌شود.
مالیات ۴۰ درصدی فروش خانه
اما دارندگان خانه تنها قرار نیست مالیات بر خانه خالی بپردازند. اگر آنها بخواهند خانه دوم خود را بفروشند۷ باید رقمی از سود حاصل از فروش آن را به عنوان مالیات بر عایدی سرمایه به دولت بدهند. این همان طرح مالیات برعایدی سرمایه است که قرار است به زودی جزئیات آن در مجلس تصویب شود.براساس این طرح، اگر فردی خانه دوم بخرد و آن را ظرف کمتر از یکسال بفروشد باید ۴۰ درصد از سود حاصل از فروش این خانه را به‌عنوان مالیات بر عایدی سرمایه به دولت بدهد. این قانون برای خودرو، طلا و دلار در سال اول ۳۰ درصد از سود است و در سال‌های بعد به مراتب کمتر می‌شود.
مهدی طغیانی، سخنگوی کمیسیون اقتصادی مجلس گفت که قرار است اطلاعات خرید و فروش خانه‌های مردم از سامانه املاک و اسکان گرفته شود. اما این در حالی است که به گفته کارشناسان این سامانه به سازمان‌های ارائه‌دهنده اطلاعات از جمله ثبت احوال وصل نیست.بنابراین دو ابهام وجود دارد، اول این که وقتی سامانه املاک و اسکان به دستگاه‌های ارائه‌دهنده اطلاعات وصل نیست چگونه می‌تواند برای گرفتن مالیات بر عایدی سرمایه به دولت کمک کند؟
ابهام دیگر نیز این است که آیا قرار است از مردم دو نوع مالیات بر خانه بگیرند؟ یکی مالیات بر عایدی سرمایه و دیگری مالیات بر خانه‌های خالی؟ چون با این تفاسیر اگر فردی خانه‌ای داشته باشد، اگر آن را بفروشد مشمول مالیات بر عایدی سرمایه می‌شود و اگر آن را نفروشد و خالی نگه دارد، مشمول مالیات بر خانه خالی می‌شود.
