در فرآیند نخستین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری مسئله ایرانی‌الاصل نبودن جلال‌الدین فارسی اولین خبر نابهنگام انتخاباتی بود که منجر به کناره‌گیری وی شد.
پایگاه «مرکز اسناد انقلاب اسلامی» مسعود رجوی سرکرده سازمان مجاهدین خلق دومین نفری بود که به حذف‌شدگان پیوست. اما این بار مسئله متفاوت از قبل بود. رجوی به‌دلیل رأی ندادن به قانون اساسی مجبور به کناره‌گیری شد.
طبق استفتایی که در همان ایام از امام شد، ایشان در مورد مسعود رجوی پاسخ دادند: «بسم‌الله الرحمن الرحیم ـ کسی که به قانون اساسی رأی مثبت نداده صلاحیت رئیس‌جمهوری ایران را ندارد.»
مسعود رجوی نامزد مجاهدین خلق برای ریاست‌جمهوری که از دور مبارزات انتخاباتی کنار رفته بود طی بیانیه‌ای با عنوان «پیام به خلق» مسائلی را مطرح کرد.
در بخش‌هایی از این پیام که در روزنامه اطلاعات ۲ بهمن ۵۸ منتشر شد آمده بود: «کاش می‌توانستم تنها قطره‌ای از دریای صمیمانه محبت‌ها و اعتماد شما را پاسخگو باشم، اما اکنون بیش از هر چیزی به سرنوشت انقلابی می‌اندیشم که یکی از بزرگترین مسئولیت‌های خطیر و تاریخی خود را بر دوش من و سایر خواهران و برادرانم گذاشته است.»رجوی در رابطه با اعتراض خود اظهار داشت: «بله ما اعتراض می‌کنیم که چرا به رغم همه راهپیمائی‌ها و شور و شعار‌ها و روزه گرفتن‌ها هنوز کلیه روابط و قرارداد‌های امپریالیستی افشاء نشده است؟ چرا مفاد پیام تاریخی امام درباره حقوق همه ملیت‌ها محقق ناشده مانده؟
چرا شورا‌های واقعی که صد‌ها بار بر نقش اساسی آن‌ها از جانب پدر تاکید شده تشکیل نمی‌شود؟ … چرا به جای این همه تاکید بر نقش مادری و خانه‌داری زنان بر حقوق اجتماعی و سیاسی آن‌ها تصریح نمی‌شود.»رجوی با اعتراف به عدم شرکت در رفراندوم جمهوری اسلامی گفت: «البته من در رفراندوم قانون اساسی شرکت نکرده بودم. این هم چیز پوشیده‌ای نبود، اما نه از موضع انحرافی بلکه به دلیل هرچه بیشتر و انقلابی‌تر و اسلامی‌تر خواستن. به همین دلیل باز هم در اجرا و عمل هر آنچه که بود و تصویب شده بود خود را به هیچ وجه ناصادق و دوگانه نمی‌دانستم.
گمان می‌کردم که اگر اشکالات و کمبود‌ها و هر عیب دیگری هم که هست و فی‌الواقع حقیقت دارد باز در عمل صادقانه آشکار شود. هیچ دسته و گروه صادقی منکر تکمیل یا تصحیح آن‌ها نخواهد شد.»
نامزد مجاهدین خلق در یک فرار رو به جلو ادامه داد: «و ما هنوز هم نمی‌دانیم که چگونه می‌شود رادیو و تلویزیون که از خواندن یک سطر اعلامیه ما ابا دارد یا برای مختصر برنامه انتخاباتی من ابتدا مصاحبه استنطاق‌آمیز به عمل می‌آورد، این چنین به سادگی در اختیار مردم قرار می‌گیرد.
آن هم در ایام انتخابات و تازه بعد از تصریح امام بر عدم هتاکی به کاندیدا‌ها. به هرحال سوگند مرا به سوگند محمدرضای خائن تشبیه نمودند، برچسب زندیق و منافق و ساواکی و اجنبی‌پرست زدند و گاه خواستار اعدامم شدند، صد‌ها تن از خواهران و برادرانم را مجروح و مضروب کردند. آیا این است حرمت جماعت و جمعه و عید و عزا؟ آیا این ایام اسلامی و موعد تفرقه و فصلند؟ یا میعاد پیوند و وصل؟»گفتنی است در انتخابات اول ریاست‌جمهوری سید محمد موسوی خوئینی‌ها به عنوان نماینده امام در کمیته نظارت بر انتخابات بود و بخش قابل توجهی از رد صلاحیت‌ها را به عهده داشت.در این میان ابوالحسن بنی‌صدر – دیگر نامزد انتخابات این دوره – در موضعی تأمل‌برانگیز فقط رجوی را رقیب واقعی خود می‌دانست و حذف او را موجب کاهش شور و هیجان انتخاباتی اعلام کرد، اما رقیب حقیقی او جلال‌الدین فارسی بود که به‌دلیلی غیر از رد صلاحیت رجوی، از گردونه رقابت خارج شده بود. با این وجود و علی‌رغم همه فضاسازی‌ها، مشارکت مردم در انتخابات اول به ۶۷/۸۳ درصد رسید.به فاصله یک ماه پس از انتخابات ریاست‌جمهوری، انتخابات اولین دوره مجلس در اسفند ماه ۵۸ برگزار شد. نکته جالب توجه اینکه نه تنها مسعود رجوی رأی مردم برای ورود به مجلس را به دست نیاورد بلکه در سایر حوزه‌ها نیز هیچ کدام از نامزد‌های معرفی شده از سوی مجاهدین خلق به مجلس راه نیافتند.طولی نکشید که زمان ثابت کرد مسعود رجوی صلاحیت رای مردم را نداشته است. او در خرداد سال ۱۳۶۰ با اعلام مبارزه مسلحانه علیه نظام، رسما به تقابل با انقلاب اسلامی پرداخت و سراسر دهه ۶۰، فرقه تحت رهبری او با راه‌اندازی جوخه‌های ترور، کف خیابان‌ها را با خون مردم و مسئولین نظام رنگین کرد.
