به یک سال زندان محکوم شده بود، اما پیش از اجرایی‌شدن حکم از فرانسه گریخت و به انگلیس پناه برد. درخواست تجدید نظر هم کرده بود، اما تغییری در حکم نهایی ایجاد نشد. جرمش افترا بود؛ افترا به ارتش فرانسه.
همچنین با آن نامه مشهورش که عنوان «من متهم می‌کنم!» روی آن دیده می‌شد میان فرانسوی‌ها شکاف انداخته و آنان را در دو جبهه مدافعان و دشمنانش رودرروی هم قرار داده بود. به نوشته یکی از نشریات پاریس «هر وجدانی آشفته است. دیگر هیچکس با تعقل و استدلال سروکار ندارد. بحث امکان‌پذیر نیست. همه کس در موضعی ثابت مستقر شده است.»
ماجرای محاکمه دریفوس و بازشدن پای امیل زولا به آن یکی از مشهورترین فصل‌های تاریخ در پایان قرن نوزدهم میلادی است. آلفرد دریفوس، سروان ارتش فرانسه در دوران جمهوری سوم فرانسه بود که به اتهام ساختگی جاسوسی برای آلمان، محاکمه و زندانی شد.
ابتدا کمتر کسی به محاکمه ولو غیر منصفانه سروان یهودی ارتش اهمیت می‌داد و حوادث در تاریکی – چنان که مطلوب اتهام‌زنان بودند – پیش می‌رفت. اما دخالت زولا و انتشار نامه «من متهم می‌کنم!»
زولا «من متهم می‌کنم!» را به ظاهر خطاب به رییس‌جمهور فرانسه نوشته بود، اما در واقع همه وجدان‌های بیدار را مخاطب خودش می‌دید و با آنان حرف می‌زد. نامه‌اش بیشتر از ۴ هزار کلمه داشت و او یک شبانه‌روز بی‌وقفه روی متن آن کار کرده بود.
خلاصه حرفش این بود که بی‌عدالتی زیر هر نامی، چه امنیت و چه مصلحت و چه میهن‌پرستی پذیرفته نیست و آنجا که حق چنین آشکارا پایمال و جای ظالم و مظلوم عوض می‌شود، باید ایستاد و از عدالت پاسداری کرد.
زولا به نفع دریفوس و در دفاع از او وارد ماجرا شد، چون باور داشت ظلم بر حقیقت پیروز شده است و نمی‌تواند در مقابل چنین ننگی سکوت کند. بسیاری در تلاش برای بازبینی پرونده دریفوس و تبرئه او با زولا همراه شدند، اما اکثریت فرانسوی‌ها طرف ارتش کشورشان را گرفتند.
«کینه و توهین زشت‌گویی در مطبوعات و تصنیف‌های عامه‌پسند خیابانی از هر سو نثار زولا می‌شد. به رذیلانه‌ترین طرز او را هدف هزل و بدگویی قرار می‌دادند. خوک قبیحه‌نگار، مودبانه‌ترین دشنامی بود که می‌شنید. با پست، بسته‌های حاوی مدفوع برایش می‌فرستادند. مترسک‌هایی شبیهش می‌ساختند و می‌سوزاندند.»
زولا در آن سال‌ها در اوج شهرت و اعتبار بود و زندگی آسوده و مرفهی داشت و حتی به نقل از برخی راویان آن مقطع، به گوشه‌ای خزیده و از مسائل اطرافش فاصله گرفته بود.
پس چرا از آن برج رفاه و آسودگی پایین رفت و به دل آتش زد؟ شاید، چون – به قول باربارا تاکمن – «می‌دانست رنج‌کشیدن چیست.» دادگاهی و به حبس و جریمه محکوم شد و سال ۱۸۹۸ در چنین روزی از کشورش گریخت. حدود یک سال بعد دوباره به فرانسه برگشت و چنان که می‌دانید پاییز ۱۹۰۲ در پاریس از دنیا رفت.»
