بعد از اعلان جنگ انگلیس به ایران و تصرف بوشهر و خارک توسط این اشغالگران، ایران نتوانست مقاومت کند و برای مذاکره با انگلیس آماده شد، سرانجام این مذاکرات به عقد معاهده پاریس با میانجیگری ناپلئون سوم در چهارم مارس۱۸۵۷ میلادی انجامید.
این قرارداد را فرخ خان امین‌الملک سفیر ایران در پاریس و لرد کولی سفیر انگلیس در فرانسه در پانزده فصل منعقد کردند.
گفته می‌شود میرزا آقا خان صدراعظم ایران در تحمیل معاهده پاریس نقش زیادی داشت. وی به فرخ خان دستور داده بوده تا به هر صورتی که شده زمینه عقد پیمان صلح را فراهم کند. این در حالی بود که دولت انگلیس هنگام مذاکره برای صلح، زیر فشار انقلاب در هند بود.
از این رو عجله و شتاب آقاخان نوری برای عقد قرارداد صلح از خیانت‌های او در قضیه هرات به شمار می‌رود. تنها دستورالعملی که از تهران از طرف آقاخان نوری به فرخ خان رسید این بود: شما اختیار دارید در هر مساله‌ای که مورد تقاضای انگلیسی‌ها‌ست، موافقت کنید مگر در دو مورد: یکی سلطنت ناصرالدین شاه و دیگری صدارت من.
چرا که در اوان گفت‌وگوی دو طرف جهت دستیابی به صلح، انگلیسی‌ها خواستار برکناری این صدراعظم که حامی روس‌ها بود، شدند. در حقیقت با مقایسه دوران عباس میرزا و میرزا آقا خان می‌توان گفت که زمامداری آقا خان معرف تفکر ارتجاعی است که دشمن هر نوع نوآوری و اندیشه ترقی‌خواهانه است.
همچنین باید اذعان کرد در این عهدنامه اگر رجال آگاه به مسائل سیاسی مانند عباس میرزا حضور داشتند، می‌توانستند با سیاستمداری و هوش سیاسی خود مساله افغانستان را به نفع ایران حل کنند، زیرا در این خصوص امکان جولان بیشتری برای دولتمردان ایران وجود داشت تا به هر طریق غیر از حمله نظامی، آن را حفظ کنند و گزینه نظامی می‌توانست آخرین راهکار برای پیشبرد اهداف حکومت قاجاریه در شرق ایران باشد.
بعد از اشتباه محرز آقاخان نوری، ناصرالدین شاه نیز که از اقدامات او در شرق ایران ناراضی بود، پس از مدتی او را از منصب خود برکنار و به شخصه زمام امور کشور را به دست گرفت.
به این ترتیب با آنکه می‌رفت تا با اقدامات خردمندانه عباس میرزا ثبات سیاسی به شرق کشور بازگردد، بی‌کفایتی دولتمردان وقت این فرصت را از ایران گرفت. در حقیقت معاهده پاریس نشانگر ضعف حکومت مرکزی در حفظ تمامیت ارضی کشور بود و خبر از حضور افراد ناتوان بر مسند امور اجرایی کشور داشت.
نتایج عهدنامه پاریس
به موجب این معاهده، دولت ایران تعهد داد که هرات و تمام خاک افغانستان را تخلیه کند و از هر ادعایی نسبت به حکومت خود در هرات و تمامی افغانستان دست بردارد. همچنین به موجب این عهدنامه که صلح میان دو دولت برقرار شد، انگلیسی‌ها متعهد شدند قوای خود را در مدت کوتاهی از خاک ایران خارج کنند.
در مقابل در بند ششم معاهده قید شد که به موجب آن ایران از تمام ادعاهای سلطنتی خود بر هرات و ممالک افغان دست بردارد.
با تعیین این شرایط در معاهده، انگلیس به خواسته خود یعنی ایجاد منطقه حائل میان هند و قلمرو‌های غربی آن دست یافت و تنها حق ایران در این عهدنامه درباره هرات این بود که در صورت تجاوز افغانستان به مرز‌های ایران، بتواند از حمله متجاوزان جلوگیری کند، مشروط بر اینکه پس از رفع تهاجم، قوای نظامی خود را بازگرداند و شهر یا بخشی از خاک افغانستان را ضمیمه خود نکند.
بدین ترتیب دولت ایران با خروج نیروهایش از منطقه مورد مناقشه از هرگونه حق حاکمیت بر هرات و افغانستان صرف نظر کرد و متعهد شد تا در منازعات با افغان‌ها به دولت انگلیس به عنوان میانجی و قاضی رجوع کند، دولت انگلیس هم تعهد داد از هر تشویشی از ناحیه افغانستان برای دولت ایران جلوگیری کند و در مناسبات ایران با افغان‌ها، شأن و حیثیت دولت ایران را رعایت کند.
همچنین انگلیس حق داشت در هر نقطه از خاک ایران که صلاح دانست به ایجاد کنسولگری بپردازد. این‌گونه ایران استقلال افغانستان را به رسمیت شناخت و بدین شکل انگلیسی‌ها برای دفاع از هندوستان خیالشان راحت شد. همچنین در این عهدنامه انگلیسی‌ها نیز پذیرفتند که قوای خود را از ایران خارج کنند و اسیران جنگی ایران را آزاد سازند.
بدین ترتیب براساس این معاهده، هرات به کلی از ایران جدا شد و پس از این جنگ در ۱۲۴۹ قمری قسمت‌هایی از شرق هریرود به بعد (شامل هرات) به افغانستان ضمیمه شد و دست ایران را به کلی از دخالت در افغانستان کوتاه کرد، اما بسیاری از مورخان و علاقه‌مندان به تاریخ به اشتباه در تحقیقات خود جدایی افغانستان از ایران را نتیجه عهدنامه ننگین هرات می‌دانند که باید گفت این جدایی اصلا مربوط به این قرارداد نبوده است. در این خصوص محمدکاظم کاظمی پژوهشگر و کارشناس فرهنگی می‌گوید:
در ایران مشهور است که در عصر قاجاریه و در جریان محاصره هرات افغانستان از ایران جدا شد. این خطایی بزرگ است و یکسره تکرار می‌شود.
حقیقت این است که در آن زمان تنها شهر هرات از تسلط ایران خارج شد و آن هم همیشه در تصرف ایران نبود. در آن زمان‌ها افغانستان حکومت مستقلی داشت و سال‌ها تحت سیطره حکومت درانی و سپس خاندان محمدزایی بودند و این دولت‌ها جزو دولت ایران یا دست‌نشانده آن نبودند.
در پایان باید گفت عهدنامه پاریس یکی از قرارداد‌های ننگین دیگر دوره قاجاریه بود که ضربه سختی بر استقلال سیاسی و اقتصادی ایران وارد آورد، همچنین این قرارداد محدودیت ارضی برای ایران ایجاد کرد و زمینه‌ساز جدایی بخش‌های دیگری از خراسان و بلوچستان از ایران شد.
تصرف مرو به دست روس‌ها و انعقاد قرارداد آخال در ۱۲۹۹ قمری از دیگر پیامد‌های این معاهده به شمار می‌رود. همچنین با عقد این معاهده نفوذ سیاسی، اقتصادی و نظامی انگلیس در ایران و منطقه افزایش یافت. انگلیسی‌ها با گرفتن امتیاز‌های گوناگون استعماری با روسیه مانند قرارداد ۱۹۰۷ یا قرارداد ۱۹۱۵ زمینه وابستگی هر چه بیشتر ایران را به دولت‌های استعماری فراهم کردند.
