طی این ۵، ۶ سال یحیی اعتقاد ویژه‌ای به مجتبی حسینی پیدا کرد و بسیاری او را مغز متفکر گل‌محمدی در امور فنی می‌دانستند. اتفاقاً در اولین مقطع حضور یحیی در پرسپولیس و زمانی که او جای مانوئل ژوزه را به‌عنوان سرمربی گرفت مجتبی حسینی را به‌عنوان دستیار اول خود انتخاب کرد و همین باعث شد حسین عبدی که از طرف یحیی دعوت به همکاری در کادر فنی شده بود کنار برود.فصل سوم حضور یحیی و مجتبی در ذوب‌آهن اصلاً خوب پیش نرفت و گل‌محمدی در همان هفته‌های نخست از کار برکنار شد و دستیار اول جای سرمربی را گرفت. در آن مقطع یحیی تصور نمی‌کرد مجتبی جای او را بگیرد به همین خاطر از او بشدت ناراحت شد و ارتباط این دو دوست همکار به سردی مطلق و قهر گرایید.بعد از آن بود که یحیی با پول خوبی که از اکسین‌البرز گرفت به لیگ یک رفت و جای فیروز کریمی نشست و در آن تیم وحید رضایی را به‌عنوان دستیار کنار خود به کار گرفت.فصل بعد از آن یحیی تراکتور محروم و نیمه‌جان را گرفت که با پنجره‌های بسته مجبور بود از بازیکنان جوان و قبلی‌اش استفاده کند. در شروع فصل او جواد منافی را کنار خودش داشت و تیم با این کادر ۲۰ روز هم تمرین کرد اما یکباره سر و کله حسینی در تبریز پیدا شد.
قبل از آن البته به نظر می‌رسید راه یحیی و مجتبی از هم جدا شده و این دو را دیگر کنار هم نخواهیم دید، بخصوص اینکه آنها نزدیک به یک سال با هم قهر بودند و ارتباطی نداشتند. از این جهت وقتی یحیی به تبریز رفت مجتبی در تیم پیکان کارش را به‌عنوان دستیار مجید جلالی آغاز کرد اما بعد از ۲۰ روز یک دوست مشترک در باشگاه تراکتور زمینه‌ساز آشتی این دو یار قدیمی شد.بعد از آنکه حسینی به تبریز رفت جواد منافی که تا آن روز تصور می‌کرد دستیار اول یحیی در تراکتور خواهد بود عصبانی شد و یحیی هم او را کنار گذاشت در شرایطی که چند سالی کنار هم در تیم‌های مختلف کار کرده بودند و از آن روز تا الان ارتباط منافی و یحیی قطع شده و آنها با هم رابطه خوبی ندارند. در واقع قهر یحیی-مجتبی بعد از همکاری دوباره آنها جای خود را به قهر جواد-یحیی داد که هر دو زمانی پورایی بودند و بعد به تیم ملی امید و پرسپولیس و تیم ملی بزرگسالان رسیدند که البته جواد به اندازه یحیی نه در دوران بازیگری و نه مربیگری خوش‌شانس نبود؛ یا حداقل تا الان که اینطور بوده.مجتبی حسینی دوباره در تراکتور تبدیل به تئوریسین یحیی شد اما ناکامی در تبریز دوران حضورشان در این شهر را طولانی نکرد.
مدیران تراکتور نیم‌فصل یحیی را کنار گذاشتند و مجتبی به‌عنوان سرمربی موقت برگزیده شد اما فقط دو بازی به‌عنوان سرمربی کار کرد و این‌بار نمک‌نشناسی‌اش طولانی نشد. یحیی که به شهرخودرو رفت بار دیگر ارتباط این دو همکار و دوست قدیمی قطع شد. حسینی هم که دیگر خودش می‌خواست سرمربی باشد کارش را از همان تیم کرجی سابق یحیی آغاز کرد و بعد به مس کرمان پیوست. او فصل قبل تا آستانه صعود به لیگ برتر با مس کرمان پیش رفت اما در جدال با آلومینیوم اراک برای صعود تنها یک گل زده کم آورد و در حالی که در بازی آخرش باید چهار گل می‌زد سه گل زد تا نماینده اراک صعود کند. یحیی در مشهد همکاری‌اش با حمید مطهری را آغاز کرد و از آنجا بود که مطهری نقش تئوریسین و دستیار اول را تا امروز که قهرمان لیگ برتر شده و به فینال آسیا رسیده‌اند ایفا کرده است.با شروع فصل جدید لیگ برتر اما مجتبی حسینی هدایت نفت مسجدسلیمان را بر عهده گرفت و دوباره در سطح اول فوتبال ایران سرمربی شد. او در پیش‌فصل به‌خاطر مشکلاتی استعفا داد و برگشت اما دو بازی نخست فصلش را به‌خاطر محرومیت از روی سکوها دید و قرار است فردا مقابل پرسپولیس روی نیمکت باشد. این اولین تقابل یحیی گل‌محمدی و مجتبی حسینی به‌عنوان سرمربی خواهد بود که نزدیک به یک دهه کنار هم کار کرده‌اند و چشم‌بسته افکار یکدیگر را می‌خوانند.دوستان و همکاران مشترک‌شان می‌گویند آنها بشدت افکار نزدیکی دارند و پیش‌بینی می‌شود بازی فردای‌شان چیزی شبیه شطرنج کارپف و کاسپارف باشد که سال‌ها با رقابت‌شان همه دنیا را به صفحه شطرنج میخکوب کرده بودند. فردا روزی است که شرلوک هولمز باید روبه‌روی داکتر واتسونی قرار بگیرد که سال‌ها بهترین دوست و همکارش شناخته می‌شد و می‌توانست جملاتش را تکمیل کند. این تقابل گواردیولا-آرتتایی احتمالاً در ظاهر یک دوئل دوستانه خواهد بود اما یک دنیا جنگ در بطن خود دارد.
