دمنوش این گیاه که بهتر است با کمی عسل یا نبات شیرین، خورده شود برای مشکلات گوارشی مانند سردی معده با علائم اسپاسم، درد معده و نفخ و برای تقویت اعصاب و برخی از انواع سردرد‌های ناشی از رطوبت در سر یا سردی سر مفید است. بخور آن نیز برای سرماخوردگی، سینوزیت و دفع خلط موثر است.
برای تهیه دمنوش بابونه یک قاشق غذاخوری بابونه در ۳۰۰ سی سی آب جوش به مدت ۱۰ تا ۱۵ دقیقه دم بکشد و با شیرین کننده‌هایی مانند عسل، نبات و شکر مصرف کنند. دهانشویه با دم‌کرده بابونه برای رفع زخم‌ها و آفت‌های دهان مناسب و شست‌وشوی زخم‌ها به‌ویژه در کسانی که بواسیر دارند برای بهبود زخم و شقاق مقعد مخصوصا اگر با روغن بادام یا زیتون همراه باشد، التیام‌دهنده است.
زیاده روی در مصرف بابونه مضر و آسیب رسان است و به دلیل داشتن تانن در جذب آهن اختلال ایجاد می‌کند. بابونه باید با فاصله از مصرف غذا‌های گوشتی استفاده شود تا در جذب آهن اختلالی ایجاد نشود. برای رفع برخی از انواع تب‌های بلند مدت، غوطه‌ورشدن در آبی که در آن بابونه باشد، می‌تواند مفید باشد؛ شاید به این جهت که منافذ سطحی پوست را باز و حرارت مازاد بدن را دفع می‌کند. به خصوص برای خانم‌های یائسه که دچار گرفتگی باشند، بسیار مناسب است.
عرق بابونه برای دفع سنگ کلیه کاربرد دارد و به کسانی که افزایش ادرار و سنگ کلیه دارند کمک می‌کند و می‌تواند بافت سنگ را نرم و مجاری ادرار را باز و سنگ را به سهولت دفع کند.اصیل‌ترین نوع بابونه، بابونه شیرازی است اما بذر بابونه آلمانی نیز در ایران کشت می‌شود. گل بابونه در درمان بیماری‌ها به صورت دمنوش، روغن و بخور استفاده می‌شود و کاربرد‌های زیادی در درمان بیماری‌ها در طب سنتی دارد.
بابونه از جمله گیاهانی است که طبع گرم و خشک داشته و خواص درمانی بی نظیری دارد، با استفاده از گیاه بابونه می‌توان بسیاری از بیماری‌ها را درمان کرد. چای بابونه به طور موثر به کسانی که با جدیت با حملات درد میگرنی دست و پنجه نرم می‌کنند، کمک می‌کند.
این گیاه به آسانی به درمان زخم معده و ورم معده کمک می‌کند. بیشتر کسانی که درد و سوزش معده دارند، می‌توانند با خوردن چای غلیظ بابونه سلامتی خود را دوباره به دست بیاورند. بابونه دارای خواص ضد باکتریایی است. بابونه سیستم ایمنی بدن را تقویت کرده و همچنین به بهبودی بیماری آنفلوانزا کمک می‌کند.
چای بابونه به طور موثر به کسانی که با جدیت با حملات درد میگرنی دست و پنجه نرم می‌کنند، کمک می‌کند. روغن بابونه را برای از بین بردن کمردرد، درد مفاصل و نقرس روی محل درد بمالید. چای بابونه برای درمان شوره سر مورد استفاده قرار می‌گیرد. این چای، مو را تغذیه می‌کند و به آن درخشش و زیبایی خاصی می‌بخشد.
بابونه به کاهش درد ناشی از زخم ها، زخم‌های لثه، دندان درد و همچنین مقابله با باکتری‌های مضر که می‌توانند در دهان زندگی کنند نیز کمک می‌کند. گیاه بابونه برای جلوگیری از اضطراب در آخر شب پیشنهاد می‌شود.
