با توجه به اینکه پرداخت هزینه ثبت‌نام منحصراً به صورت اینترنتی انجام می‌گیرد، متقاضیان لازم است به وسیله کارت‌های عضو شبکه بانکی شتاب که پرداخت الکترونیکی آنها فعال است، با مراجعه به درگاه اطلاع رسانی این سازمان و پرداخت مبلغ ۶۱۰/۰۰۰ (ششصد و ده هزار) ریال به عنوان وجه ثبت‌نام در این مرحله نسبت به ثبت‌نام اقدام کنند. متقاضیانی که در این مرحله پذیرفته شوند، در صورتی که پذیرفته شده نهایی آزمون کارشناسی ارشد ناپیوسته سال ۹۹ باشند، قبولی قبلی آنان لغو خواهد شد و این دسته از متقاضیان حق بازگشت و ادامه تحصیل در رشته قبولی قبلی خود را ندارند.رشته‌های مربوط به دانشگاه آزاد اسلامی نیز به همراه رشته‌های سایر دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی در دفترچه راهنمای ثبت نام و انتخاب رشته درج شده است. لذا متقاضیان رشته‌های این دانشگاه می‌بایست کدرشته محلهای مربوط به این دانشگاه را به همراه سایر کدرشته محلها در فرم ثبت‌نام و انتخاب رشته خود درج نمایند و لازم نیست اقدام جداگانه‌ای در این خصوص انجام دهند.
اگر فردی که در آزمون کارشناسی ارشد سال ۱۴۰۰ ثبت نام نموده و در این مرحله نیز متقاضی ثبت‌نام برای رشته‌های پذیرش بر اساس سوابق تحصیلی شود و در ردیف پذیرفته شدگان نهایی قرار بگیرد در صورتی که تمایل به انصراف از شرکت در آزمون سال ۱۴۰۰ داشته باشد به شرط ارائه درخواست حداکثر تا تاریخ ۳۰ آذر هزینه ثبت‌نام به وی عودت داده می‌شود. بدیهی است این افراد از فرآیند آزمون کارشناسی ارشد سال ۱۴۰۰ حذف خواهند شد.باتوجه به عدم پذیرش حضوری متقاضیان به منظور جلوگیری از شیوع ویروس کرونا و در جهت تسریع در بررسی و ثبت درخواستها به صورت الکترونیکی، متقاضیان در صورت داشتن هر گونه سوال می‌توانند به سیستم پیشخوان خدمات الکترونیکی سازمان سنجش آموزش کشور به آدرس http://darkhast.sanjesh.org مراجعه و درخواست خود را به همراه مستندات لازم ثبت کنند.پس از ثبت درخواست، برای متقاضی شماره نامه و کدرهگیری از طریق پیام کوتاه ارسال می شود. متقاضیان می‌توانند پس از دریافت شماره و کدرهگیری از طریق پیام کوتاه، به پورتال رهگیری الکترونیکی مکاتبات به آدرس http://rahgiri.sanjesh.orgوارد و از آخرین وضعیت درخواست خود مطلع شوند.
