در واکنش، محمدتقی فاضل میبدی (استاد حوزه) در متنی نوشت: آقای احمد خاتمی! اعدام یک انسان، مستحق اعدام باشد یا نباشد، جای تشکر و خوشحالی نیست. آخرین وصیتهای پیامبر اسلام، به نقل از امام صادق(ع) حفظ و اهتمام”عرض”، “مال “ و حرمت “خون” انسانها بود. اگر دل در گرو قدرت خود را دارید، بدانید با اعدامها، پایگاه و بقای قدرت تقویت نمی‌شود. اگر دل در گرو حفظ نظام را دارید، از خود بپرسید چرا مردم از عملکرد حکومت روحانیون ناراضی هستند؟
آقای خاتمی! چه کردیم که کار جامعه و جوانان و دانشجویان به این جا رسیده که حدود سه ماه صحنه را ترک نکرده‌اند.
آقای خطیب محترم جمعه! چرا به فکر ریشه‌ها و عوامل اعتراضات نیستی؟ چرا نمی‌پذیرید که نارضایتیها ریشه در عملکرد حاکمیت دارد؟ با ادبیات خشن امثال شما و جناب علم‌الهدی چه گره‌ای از مشکلات کشور گشوده‌اید؟
آقای احمد خاتمی؛ این دولت مطلوب شما کار اقتصاد را به کجا رسانده؟ افزایش دلار، سکه و سایر اقلام پایه‌ای در هیچ زمانی چون اکنون رها و رو به افزایش نبوده. از آمار مهاجرت پزشکان، پرستاران و سایر اقشار و اصناف خبر دارید؟
خواهش می‌کنم با اعدام یک جوان دلخوش نکنید. فرجام کاررا نیک بنگرید. این روزها شاید حال خیلی‌ها خوش نباشد. هر قطره خونی که از مردم، از هر طرف، ریخته شود، آسیب بزرگی بر کشور و امنیت وارد می‌کند، اما علاج آن کشتن و اعدام نیست؛ به قول مولانا:
خون بخون شستن محالست و محال /چه زیبا گفت سعدی: حکومت به دست کسانی خطاست/ که از دستشان دستها بر خداست
سخنگوی جبهه اصلاحات، اعدام محسن شکاری را محکوم کرد
علی شکوری‌راد، سخنگوی جبهه اصلاحات در ایران، اعدام محسن شکاری را محکوم کرده و گفته است این کار برخلاف تصور حکومت برای منفعل کردن معترضان نتیجه عکس داده و مانند «ریختن بنزین بر آتش» عمل کرده است. شکوری‌راد با اشاره به گورنوشته مهسا (ژینا) امینی، گفته حالا «نام محسن شکاری پرآوازه و رمز همدلی و اتحاد معترضین» شده است. بر مزار ژینا به زبان کردی نوشته شده بود: «ژینا جان، تو نمی‌میری، نام تو رمز (نماد) می‌شود.» گفتنی اینکه، اعدام محسن شکاری موج گسترده‌ای از خشم معترضان را به دنبال داشته و طیف بزرگی آن را به شدت محکوم کرده‌اند.
میرحسین موسوی هم در پیامی از حصر نوشت:
بسم الله الرحمن الرحیم
به این‌گونه اعدام‌های پشت پرده و سیاست‌زده خاتمه دهید. حقوق ملت را پاس بدارید و تلاش برای خوارکردن شهروندان و جوانان را متوقف کنید. وظیفه‌ی شما حفظ جان آحاد ملت بود نه گرفتن جان شهروندان. مطمئن باشید با این روش‌های ظالمانه و خون‌آلود، طول عمر حکومت شما تضمین نخواهد شد. نه تیربارها و مسلسل‌ها و نه چوبه‌های دار، جنبش مردم برای آزادی و حاکمیت بر سرنوشت خویش را متوقف نخواهد کرد. انقلاب ۵۷ برای خالی کردن زندان‌ها بود و نه پر کردن و آتش زدن آنها. برای استقلال کشور از یوغ ابرقدرت‌ها بود، نه قبول این یکی و طرد آن دیگری. برای وحدت بود و نه تفرقه‌ی خانمان‌سوز بین خودی و ناخودی. و برای حاکمیت مردم بر سرنوشت خویش بود نه تضمین حاکمیت ظالمانه‌ی یک عده‌ی معدود بر مردم. این‌گونه حکمرانی به کشتار و ویرانی و از دست دادن همه سرمایه ملی می‌انجامد و لاجرم مردم نیز در مقابل آن یکپارچه مقاومت خواهند کرد.
